Das Pfaffengut ist das einzige Einzelgut im mittleren Vogtland, das sich schon 1244 als Rodung eines Ritters Dither urkundlich nachweisen lässt. 1269 bringt der Deutsche Orden die neben seinem Wald liegende Rodung in seinen Besitz. 1328 lässt sich der Orden seinen gesamten Besitz im Vogtland von den Plauener Vögten bestätigen, darunter auch den „Vorberg zu dem roteys mit all dem gute, daz darzu gehort“ – das spätere Pfaffengut.
Nach der Reformation 1525 sorgte der nun protestantische sächsische Kurfürst in seinem Vertrag mit dem Verwalter des Ordensstaates dafür, dass der Güterbesitz für die Kirche erhalten blieb. 1544 wurde der Gesamtbesitz aufgelöst und das Vorwerk an den bisherigen Pächter Nickel Rudell verkauft, den „bescheidenen Bauersmann des Deutschen Pfarrhauses zu Plauen“.
Er erhielt am 24.06.1544 den Lehensbrief, die Bestätigung des Grundherren und der Kirche, das Rittergut als vererbbares Eigentum gegen einen bestimmten Zins und andere Leistungen zu bewirtschaften. Zu den Verpflichtungen gehörte das Einfahren des so genannten Pfaffenscheffels “ für alle Zeiten “ etwa 8 Tage nach Michaelis (29.09.). Es war das Zinsgetreide des Deutschen Hauses zu Plauen insgesamt 330 Scheffel Korn und 50 Scheffel Hafer (1 Scheffel sind zirka 120 kg), das daselbst in 58 Dörfern abgemessen, aufgeladen, ins Deutsche Haus gefahren und wieder abgeladen werden musste. Das Getreide diente als Lohn für Geistliche und Lehrer.
1589 wird das Gut: „das alte Pfarrhaus – Vorwerk Röttis, so nunmehr auch im Reißigk genannt“. Es blieb in der Familientradition der Rudells, wobei in der Erbfolge und durch Verkauf die Familien Rüdel, Schubert und Purrucker Besitzer waren. Mit dem Verkauf Rüdel an Schubert 1654 taucht die Bezeichnung „Pfaffengut“ erstmals amtlich auf. 1811 wird das Gut an den bisherigen Pächter des Rittergutes Jößnitz, Johann Gottfried Heinert, verkauft, in dessen Familie es bis 1900 verbleibt.
1897 gehörten 45 ha Land und 14 ha Wald zum Gut. In diesem Jahr zerstörte ein Großfeuer die Gebäude. Die heutigen Gebäude entstanden danach. 1900 kaufte das Gut der Berliner Industrielle Max Eugen Hartenstein, dessen Enkel es am 01.04.1939 an die Stadt verkauften. In der DDR kam das Pfaffengut zum VEG Christgrün und der Staatliche Forstwirtschaftsbetrieb Oelsnitz baute im Gut eine Fasanenzucht auf. Das Pfaffengut wurde zum Staatsjagdgebiet für Jagdfasane und Mufflons erklärt und blieb bis 1989 der Öffentlichkeit verschlossen.
Seit 1992 ist das Pfaffengut wieder in Stadtbesitz, 1993 folgte die Verpachtung an den BUND e.V. als Umwelt- und Naturschutzzentrum. 1998 wurde der Förderverein Pfaffengut Plauen e.V. mit dem Ziel gegründet, eine ökologische Bildungs- und Begegnungsstätte aufzubauen.